מנתוני ד"וח 'עומסי מזהמים בנחלים' של המשרד לאיכות הסביבה עולה כי נחל הנעמן הוא הנחל המזוהם בישראל והוא היחידי שנמצא במגמת החרפה לעומת שאר הנחלים בישראל שרמת הזיהום בהם במגמת שיפור. נחל הנעמן נשפך אל תוך מפרץ עכו, אל תוך חוף רחצה מוכרז, המשמש את תושבי הצפון כחוף מרכזי לשחייה ובמרחק של עשרות מטרים משפך הנחל פועלים 2 בסיסים של חיל הים ( ביה"ס לקציני ים ומתקן האימון של קורס חובלים).
 
בין השנים 1994 ל 2003 יש עליה של יותר מפי שתיים בעומס החנקן הכללי בנחל מ 158 טון/ שנה ב 1994 ל 328 טון/שנה ב 2003. נתון נוסף המצביע על ההחמרה הוא עומס הזרחן הכללי שהיה 1994 כ 103 טון/שנה ועמד ב 2003 על כ 145 טון/שנה. החנקן, כמו הזרחן, מהווים נוטריאנט לצמחי מים ואצות, ובריכוזים גבוהים תורם להתפתחות תנאי אאוטריפיקציה (חוסר בחמצן מומס במים) בגוף המים. מקורות הזיהום מזרחן הם קולחים סניטריים ותעשייתיים ונגר מעודפי דישון חקלאיים. נתונים אלו מצביעים על עומס ביולוגי כבד ביותר בנחל אשר גורם לנזק אקולוגי ומונע התפתחות מגוון ביולוגי בנחל ואת שיקומו המלא.
 
המזהמים הגדולים של נחל הנעמן בשנת 2003 היו :

כמות ההזרמה לנחל (מטר מעוקב לשנה)	המזהם
11,000	אחיהוד
620,500	טמרה (ביוב גולמי)
300,000	יסעור
482,000	כאבול (ביוב גולמי)
50,000	כפר מסריק (ביוב גולמי)
50,000	כפר מסריק (בריכות דגה)
5,000,000	כרמיאל (דרך מאגן דמון)
87,600	עין המפרץ (בריכות מדגה)
1,000,000	מילואות (שפכי 3 מפעלים)
35,000	עילבין (חזיריות)
35,000	חזיריות אפק
6,583,500	סה"כ

 
במהלך השנה האחרונה ניהל צלול מאבק ללא פשרות במזהמים מאבק אשר גרם למשרד לאיכות הסביבה להגיש כתבי אישום נגד המזהמים ואין ספק כי ההתעניינות הציבורית בנושא הייתה בין הגורמים החושבים שהביאו לפסק הדין החשוב המחייב את המפעלים להפסיק לזהם עד ל 30/9/05.

ביום חמישי 24/2/05 נערך דיון בבית המשפט השלום בקריות לפי בקשת המשרד לאיכות הסביבה להוציא צו זמני להפסקת זיהום נחל הנעמן לפי חוק המים והחוק לשמירת הניקיון. בית המשפט התבקש להוציא צו עשה המורה למפעלים ( מילועוף ושות' , תעשיית שמן מילומור בע"מ, מילובן אם.סי.פי בע"מ, מילואות – חב' לפיתוח משקי מפרץ חיפה בע"מ) לנקוט מיידית בפעולות על מנת למנוע את זיהום המים בנחל הנעמן ולכלוך רשות הרבים.
 
סגן נשיא בית משפט השלום בקריות , השופט מגן איתי , קבע בפסיקתו כי : "מיותר להכביר
במילים על הצורך בהגנה על מה שנותר מאיכות הסביבה בארצנו. אין טעם לשוב ולדוש בשאלה כמה זמן נדרשים לגופים ממשלתיים שהוקמו במיוחד למטרה זו, כדי לפעול ביעילות למילוי תפקידם". "על דעת הצדדים, נאסר על המשיבים ביחד ולחוד, להמשיך להזרים שפכים בניגוד למפורט בצו המבוקש וזאת החל מ 30/9/05. " הווה אומר, על המפעלים לחדול מזיהום הנחל החל מעוד חצי שנה.